1999年 5月1日,我校附屬醫院正式成為衛生部國際緊急救援中心網絡醫院。
2000年7月19日,校本部順利搬遷至城西新址。
2002年10月28日,衛生部批準附院為海南省內唯一獲準開展人類輔助生殖技術的醫療機構,附院成為全國首批8家獲準開展人類輔助生殖技術的單位之一。
2003年我校被教育部確定為聯合培養碩士學位研究生單位。
2004年起,我校相繼與北京大學等多所高校聯合招收碩士研究生。
2004年9月17日,中共海南醫學院第二屆第一次代表大會召開,提出了“三步走”發展戰略目標,確定了走獨具特色發展之路,開始構建更具活力的體制機制,明確指出學校辦學要有鮮明的熱帶醫學和養生保健特色。
2005年11月,教育部評估專家組來我校實地考察、評估,2006年5月8日,教育部公布對我校本科教學工作水平評估的結論為“良好”。
2005年12月8日,我校以優良成績通過省教育廳高?!鞍踩拿魃鷳B學?!痹u估組的考察評估。
2006年我校開辦留學生教育。
2007年我校全面啟動申辦醫藥大學行動計劃。
2008年我校舉行辦學60周年紀念活動,把2008年定為“校慶年”。2010年1月,我校數字化多功能綜合圖書館落成。
我校把2010年定為“養生保健年”。
2011年6月,我校學子獲第二屆全國高等醫學院校大學生臨床技能競賽華南分區賽第一名、全國總決賽第二名。